ក្នុងការអនុវត្តការងាររបស់ខ្លួនក្នុងការដឹកនាំ គ្រប់គ្រង ការអភិវឌ្ឍន៍វិស័យមុខងារសាធារណៈ និងការងារទម្រង់រដ្ឋបាលសាធារណៈរបស់ក្រសួងមុខងារសាធារណៈបានជួបប្រទះនូវបញ្ហាប្រឈមក្នុងរយៈពេល៥ឆ្នាំដោយគិតចាប់ពីឆ្នាំ ២០១៣ ដល់ឆ្នាំ២០១៨មានដូចជា ៖
- ការចូលរួមអនុវត្តច្បាប់ និងលិខិតបទដ្ឋានគិតយុត្តពាក់ព័ន្ធ និងការគ្រប់គ្រងមន្រ្តីរាជការរបស់ក្រសួងស្ថាប័នមួយចំនួននៅមានកម្រិត
- ការអភិវឌ្ឍសមត្ថភាពស្ថាប័ននិងការគ្រប់គ្រងធនធានមនុស្សរបស់ក្រសួងនៅមិនទាន់អាចឆ្លើយតបបានពេញលេញទៅនឹងសេចក្តីត្រូវការនៃការអនុវត្តគោលនយោបាយរបស់រាជរដ្ឋាភិបាល
- ការកសាងសមត្ថភាពមន្ត្រីរាជការស៊ីវិលក្នុងក្របខណ្ឌរាជរដ្ឋាភិបាលមិនទាន់មានលក្ខណៈជាប្រព័ន្ធ និងមិនទាន់មានប្រសិទ្ធភាពឆ្លើយតបទៅនឹងការអភិវឌ្ឍរបស់រដ្ឋបាលសាធារណៈ
- ការវិភាគមុខងារស្ថាប័ន អង្គភាពនិងរំហូរការងារក្នុងក្រសួងសាមី និងអន្តរក្រសួង ស្ថាប័នសម្រាប់ប្រភេទសេវានីមួយៗមិនទាន់កំណត់ឲ្យបានច្បាស់លាស់ និងកែលម្អរឱ្យមានប្រសិទ្ធភាពខ្ពស់
- ការធ្វើទំនើបកម្មរដ្ឋបាលសាធារណៈ តាមរយៈការប្រើប្រាស់ព័ត៌មានវិទ្យានៅមានកម្រិត
- ចំនួនមន្ត្រីរាជការនៅក្នុងរចនាសម្ព័ន្ធការងាររបស់មន្ទីរមុខងារសាធារណៈរាជធានីខេត្ត នៅមានចំនួនតិចតួច ដែលមិនទាន់ឆ្លើយតបនឹងទំហំការងាររបស់មន្ទីរ និងម្យ៉ាងទៀត មន្ទីរមុខងារសាធារណៈរាជធានី ខេត្តមួយចំនួនមិនទាន់មានអាគារដ្ឋបាលសមរម្យសម្រាប់មន្រ្តីរាជការបម្រើបការងារ
- ការយល់ដឹង ការផ្តល់អាទិភាព ការចូលរួម និងការអនុវត្តការងារអាស៊ានក្នុងក្របខណ្ឌ និងយន្តការនៃកិច្ចសហប្រតិបត្តិការអាស៊ាន ស្តីពីកិច្ចការមុខងារសាធារណៈ (ACCSM) របស់មន្ត្រីរាជការនៅមានកម្រិត ។
